Synopsis et détails: 14 années se sont écoulées depuis la fin du second film, Asuka est chargé, avec Mari, récupérer le Tesseract, qui a scellé l'Eva 01, quand intercepté par l'auto-défense pour quiconque de récupérer la prévention de Eva 01 système responsable , et être sauvé par lui. Retour à l'intérieur de l'Eva, Shinji reconnaît que beaucoup de choses ont changé, il est maintenant considéré comme un criminel, emprisonné par ses anciens amis, maintenant l'organisation de nerf dont le but officieux sera NERV est de détruire et de prévenir d'autres impacts forme. Ne trouvant pas Ayanami, Shinji apprend les avant qu'ils ne disparaissent secourus par un nouveau Evangelion Ayanami et le Mark-09. Kaworu Nagissa: retour au QG nerf, il était de son père, qui lui raconte l'Evangelion 13 est situé dans une société co-pilote pilote. Au cours de ses pérégrinations, Shinji apprendre le résultat de ses actions, la vérité sur sa mère et Ayanami, il est temps de choisir le Kaworu à son plan à présenter d'annoncer la troisième effet, mais en fin de compte l'impact de la catastrophe entraînera quatrième.