Synopsis et détails: L'histoire se situe après Inazuma Eleven Go, 3 mois après la Holy Road. Matsukaze Tenma, très investi dans la mission qui lui a été confiée, a enseigné temporairement le vrai football à de jeunes enfants dans une école. Mais, à présent, il doit retourner à Raimon. Dès son arrivée, il remarque que son école à changer : il n'y a plus aucune trace du club de football de Raimon ! Et quand celui-ci rencontre d'autres membres de son équipe, ils ne le reconnaissent pas et semble également avoir oublié le football.
Alors que Tenma semblait perdu devant cette nouvelle réalité, un jeune garçon étrange du nom de Alpha, se présente à lui. Alpha révèle vouloir l’élimination du football et faire oublier définitivement ce sport à Tenma en changeant son passé. Cependant, il n'y parvient pas. Alpha change alors de plan et fait apparaître une équipe pour défier le jeune garçon au foot. Tenma est alors désavantagé et très affaibli physiquement. C'est alors qu'apparaît Fey Rune, un nouvel allié venu du futur qui lutte contre l'élimination du football.